學(xué)科建設(shè)是高等院校實現(xiàn)人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、社會服務(wù)、文化傳承和引領(lǐng)四大功能的基礎(chǔ)，是推動高等院校建設(shè)發(fā)展的首要因素。首都醫(yī)科大學(xué)以建設(shè)高水平研究型醫(yī)科大學(xué)為戰(zhàn)略發(fā)展目標(biāo)定位，堅持“發(fā)揚優(yōu)勢、突出重點、培植特色、保障基礎(chǔ)、加強應(yīng)用”的學(xué)科建設(shè)方針，抓住一切機遇，努力建設(shè)高峰與高原學(xué)科，全面推進“一流大學(xué)”和“一流學(xué)科”的建設(shè)。

　　學(xué)校學(xué)科力量雄厚。是國家首批博士、碩士學(xué)位授權(quán)單位，現(xiàn)有8個一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點和11個一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點；3個博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點和9個碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點。已建立了臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、護理學(xué)和中西醫(yī)結(jié)合等9個博士后科研流動站。依托學(xué)校的優(yōu)勢學(xué)科，建立了多層次的高水平學(xué)科平臺，目前學(xué)校有10個國家重點學(xué)科（含培育學(xué)科），60個國家臨床重點?？?含中醫(yī))，14個國家中醫(yī)藥管理局重點（培育）學(xué)科； 6個國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心,1個國家兒童醫(yī)學(xué)中心, 1個國家工程技術(shù)研究中心，1個國家工程實驗室,1個省部共建國家重點實驗室培育基地，4個教育部重點實驗室，4個教育部工程研究中心，54個北京市重點實驗室,10個北京市工程技術(shù)研究中心，1個北京實驗室，1個北京人腦保護高精尖中心。
       在《首都醫(yī)科大學(xué)發(fā)展戰(zhàn)略規(guī)劃（2004—2020年）》的指導(dǎo)下，學(xué)校確立了“十三五”學(xué)科建設(shè)發(fā)展規(guī)劃，通過學(xué)科建設(shè)的跨越式發(fā)展和高峰與高原學(xué)科的建設(shè)，不斷提升學(xué)科水平和影響力，推動學(xué)科研究成果的開發(fā)與應(yīng)用，全面提高學(xué)校學(xué)科對社會的服務(wù)能力和水平，向世界一流學(xué)科邁進。