2002年7月，經(jīng)教育部和原國家計(jì)劃發(fā)展委員會(huì)的嚴(yán)格審查和選拔，我校與北京大學(xué)、清華大學(xué)等36所高校共同被批準(zhǔn)設(shè)立“國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地”。首都醫(yī)科大學(xué)是北京市屬高校中唯一的選中單位，也是36個(gè)基地點(diǎn)中唯一以培養(yǎng)臨床高級(jí)醫(yī)學(xué)人才為特色的基地。
　　2003年起，學(xué)校在“強(qiáng)化基礎(chǔ)、整合臨床”的學(xué)科建設(shè)方針指導(dǎo)下，以國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地為載體，啟動(dòng)了臨床學(xué)科整合、建設(shè)、發(fā)展前所未有的大工程。學(xué)校以國家重點(diǎn)學(xué)科和北京市重點(diǎn)學(xué)科為先導(dǎo)，逐漸拓展到所有的臨床學(xué)科，啟動(dòng)并逐步推進(jìn)臨床專科學(xué)院與學(xué)系的建設(shè)。以學(xué)校19所附屬醫(yī)院、21所臨床醫(yī)學(xué)院和10所教學(xué)醫(yī)院的范圍為主體，跨越醫(yī)院的行政范疇，以優(yōu)勢(shì)臨床學(xué)科所在醫(yī)院的科室為掛靠基礎(chǔ)，整合所有相同的臨床學(xué)科科室，形成了體制隸屬于學(xué)校，覆蓋所有附屬、教學(xué)醫(yī)院的學(xué)科，又有重點(diǎn)牽頭責(zé)任科室的全新學(xué)科平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)了臨床學(xué)科建設(shè)體制的創(chuàng)新。
　　十余年來，學(xué)校已經(jīng)建立了4個(gè)臨床?？茖W(xué)院和34個(gè)臨床專科學(xué)系，并分別于2012年上半年和2018上半年完成了各臨床?？茖W(xué)院（系）的第二屆和第三屆換屆調(diào)整工作。目前所有的臨床?？茖W(xué)院（系）均已進(jìn)入良性建設(shè)發(fā)展的軌道，構(gòu)建了臨床學(xué)科醫(yī)、教、研、防為一體全面發(fā)展的穩(wěn)固平臺(tái)。
　　在創(chuàng)造性推進(jìn)臨床專科學(xué)院（系）體制建設(shè)的同時(shí)，為保證臨床?？茖W(xué)院（系）的有效建設(shè)和運(yùn)行，學(xué)校建立了臨床?？茖W(xué)院（系）特殊、規(guī)范、有效的管理和運(yùn)行機(jī)制。這些機(jī)制使臨床?？茖W(xué)院（系）在學(xué)校的學(xué)科建設(shè)、隊(duì)伍建設(shè)、教育教學(xué)與人才培養(yǎng)、臨床服務(wù)和科學(xué)研究等方面發(fā)揮了巨大的作用，也取得了巨大的成績。 臨床?？茖W(xué)院（系）建設(shè)第一階段（平臺(tái)搭建階段）的任務(wù)已經(jīng)順利完成，臨床?？茖W(xué)院（系）的建設(shè)正進(jìn)入到一個(gè)新階段，在新的建設(shè)階段，臨床專科學(xué)院（系）將深入貫徹落實(shí)黨的十九大精神，按照《首都醫(yī)科大學(xué)學(xué)科建設(shè)發(fā)展規(guī)劃》的部署，以科學(xué)發(fā)展觀為指導(dǎo)，以轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)理念為主線，以追求學(xué)術(shù)水平提升為目標(biāo)，進(jìn)一步解放思想、轉(zhuǎn)變觀念、協(xié)同創(chuàng)新、有效整合、強(qiáng)化建設(shè)、跨越發(fā)展，全面提升臨床專科學(xué)院（系）范圍內(nèi)整體學(xué)科實(shí)力，為建設(shè)高水平研究型醫(yī)科大學(xué)提供強(qiáng)大的學(xué)科支持。